Toda nekaj ljudem je iz matrice uspelo pobegniti, naselili pa so se v mestu Sion, ki leži pod zemeljsko površino. Stroji so zdaj odkrili, kje se nahaja to zadnje človeško mesto, in ga nameravajo v nekaj dneh uničiti. Medtem ko se prebivalci Siona pripravljajo na obrambo, Neo, Trojica in Morfej vedo, da se edino upanje za človeško vrsto skriva v matrici. Zato morajo najti tistega, ki jo je ustvaril. Neu je medtem za petami agent Smith, nekdanji nadzornik matrice, zato Morfej za pomoč prosi svoje nekdanje dekle Niobo. Ko Neo naposled najde stvaritelja matrice, spozna, da je to šele začetek njegove poti.