22 let prej, Pariz. Grenouille se rodi na najtoplejši dan v letu sredi smradu ribje tržnice. Mati (Birgit Minichmayr) nezaželenega otroka zavrže med kupe ribjega drobovja pod svojo stojnico. Kljubovalni novorojenček na ves glas zaveka. Reši ga naključni mimoidoči, mater pa obesijo zaradi poskusa detomora. Skrb za dečka prevzame sirotišnica madame Gaillard (Sian Thomas). Drugi otroci čutijo, da z njim nekaj ni v redu, in ga skušajo že istega večera zadušiti. Toda Madame Gaillard za vsako siroto, ki živi pri njej, dobiva denar, zato ga reši. Grenouille pri treh letih še ne shodi in ne spregovori, očitno pa je, da ima fantastičen čut za vonj. Ko se plazi po sirotišnici, se uči doživljati svet s pomočjo svojega neverjetnega voha.
Mesto neha plačevati madame Gaillard za skrb za dečka, ko ta dopolni 13 let, zato ga za deset frankov proda Grimalu (Sam Douglas), lastniku strojarne kož. Delo v smrdljivih razmerah, kjer se mešata vonj nitratov in gnilega usnja, je nevarno, toda dečku uspe preživeti in odrasti v krepkega mladeniča. Med svojim prvim obiskom Pariza se Grenouille znajde v pravi nevihti vonjav, v zraku pa zavoha najfinejši vonj, kar jih je kdaj občutil. Blaženo mu sledi do njegovega izvora – čudovite mladenke (Karoline Herfurth). Njo iznenada oblije hlad, ko se obrne, pa se znajde iz oči v oči z Grenouilleom, ki jo nemo opazuje. Da ne bi zakričala, ji z roko pokrije usta in jo odvleče v senco, da se skrijeta pred mimoidočim parom. Iz mračnega skrivališča Grenouille opazuje par, ki se poljublja, dekle, katere usta še vedno pokriva z roko, pa se obupno trudi priti do zraka.
Ko par končno odide za vogal, Grenouille dekle spusti. Toda ona je že mrtva. Ko jo zapušča življenje, se izgublja tudi njen čudoviti vonj. On ga poskuša vpiti, uloviti z rokama, kot da je voda. Vonj kmalu popolnoma izgine in Grenouillea napolni občutek izgube, oživitev tega vonja pa postane njegov življenjski cilj. Grenouille postane vajenec pri ostarelem izdelovalcu parfumov Baldiniju (Dustin Hoffman), ki mu posel zadnje čase ne gre preveč dobro in bi moral nujno končno spet zmešati kakšen prepoznaven parfum, sicer bo propadel v boju z vse močnejšo konkurenco. Grenouille mu hitro pokaže svojo neverjetno nadarjenost ustvarjanja popolnih parfumov. Ti Baldiniju kmalu vrnejo nekdanji ugled, Grenouille pa hoče v zameno le to, da bi ga mojster naučil veščin ekstrakcije in ohranjanja vonjev. Baldini ga res začne poučevati, a ko Grenouille ugotovi, da vonja živih bitij ni mogoče pretvoriti v čisto esenco, postane obupan. Baldini mu pove, da v mestecu Grasse še vedno uporabljajo skrivnostno metodo ekstrakcije esencialnih olj iz cvetja enfleurage. Grenouille se takoj napoti tja, na potovanju pa ugotovi, da sam nima nikakršnega vonja, kot da sploh ne bi obstajal. To spoznanje ga globoko pretrese in odloči se, da bo zase napravil absolutni parfum, ki se mu nikakor ne bo mogoče upreti. Med potovanjem se mimo njega pelje kočija, v kateri je prelepa Laura (Rachel Hurd-Wood), hči trgovca iz Grassa. Grenouille v zraku spet zazna tisti usodno omamni vonj, ki ga je pred tem občutil samo enkrat, v Parizu. Ta vonj mora postati njegov … Zaposli se v mali parfumeriji gospe Arnulfi (Corinna Harfouch), za kar dobi mizerno nadomestilo in kolibo brez oken, v kateri lahko prespi. Popolnoma se posveti obvladovanju umetnosti enfleuragea in prizadevanjem, da bi sestavil tisti popolni vonj. Kmalu se začnejo vrstiti umori prelepih deklet. Trgovec Richis (Alan Rickman) je edini, ki sumi, da zločinec ni navaden zlobnež, temveč obsedenec in zbiratelj lepote. Morilčeve prve žrtve so vaščanke – pastirica, prodajalka limon in mlekarica; ko pa najdejo ubiti dvojčici njegovega prijatelja Talliena (Carlos Reig), se začne Richis bati za življenje svoje hčerke Laure. Medtem najdejo že dvanajst umorjenih deklet, vse so gole in s pobritimi glavami. Grenouille vznemirjeno odpira omarico in gleda v dvanajst stekleničk, od katerih vsaka vsebuje le po nekaj kapljic tekočine jantarne barve. Manjka mu samo še en vonj, zadnja dišavna nota, zadnja sestavina njegovega parfuma. Med prebivalstvom se širi panika, ljudje začnejo zapahovati vrata in zabijati okna. Ujamejo osumljenca, ki prizna umore, toda Richis je prepričan, da to ni pravi krivec.
Pod okriljem noči s hčerko zbeži iz mesta in jo odpelje v skrivališče na obali. Toda nič ne pomaga: Grenouille sledi Laurinemu vonju vse do Mediterana. Naslednjega jutra Richis najde golo truplo svoje hčerke, z obrito glavo, in se zruši v obupu. Grenouille kleči poleg ognja v gozdu, kamor je postavil svojo opremo. Medtem ko meša zadnjo kaplico olja s preostalimi dvanajstimi, ovohava zrak okrog sebe. Ker začuti nevarnost, skrije stekleničko s parfumom v žep. Grenouillea obkolijo vojaki in ga odpeljejo v zapor v Grassu, kjer prizna vse svoje zločine, ne pove pa, zakaj jih je storil. Na dan usmrtitve se na glavnem trgu v Grassu zbere množica. Pred razglasitvijo smrtne obsodbe si Grenouille skrivaj kane nekaj kapljic svojega parfuma na zapestje. Ko ga odvedejo na balkon pred množico, veter raznese vonj vse do trga in opazovalcev, ki se začnejo vzburjeno objemati. Celo Richis, ki skozi solze prosi odpuščanja, objame morilca svoje hčerke. Grenouille, ki nikoli v življenju ni občutil ljubezni, se onesvesti. Ostaja pa še eno nerešeno vprašanje: kako bo Grenouille uporabil preostanek čudežnega parfuma?