Animirani film Vesoljski pirat kapitan Harlock prikazuje dogajanje v prihodnosti, ko je človeštvo zapustilo Zemljo, oblast pa je v rokah skupine pod imenom Gaia. Edini trn v peti zanje predstavlja pogumni kapitan Harlock, ki se s svojo ekipo uspešno bori proti vladavini. Oblast ga namerava uničiti, zato v njegovo posadko rekrutira vohuna, po neuspelem poskusu pa se sovražniki odločijo neposredno napasti Harlocka …