Zgodba se razteza čez več obdobij in svetov ter spremlja moža, ki se znajde v središču starodavne bitke med mogočnima sektama. Le tako, da vstopi v spomine svojega prednika, ki jih vsebuje njegova lastna DNK, bo lahko končal spor in dosegel lastno odrešitev. Cal Lynch (Michael Fassbender) je bil že v otroštvu zaznamovan s tragedijo; zdaj je zapornik, obsojen na smrt. Še ena življenjska priložnost se mu nepričakovano ponudi v obliki skrivnostnega podjetja Abstergo Industries. S pomočjo revolucionarne tehnologije, ki odklene genske spominske zapise v njegovi DNK, Cala pošljejo nazaj v času vse do Španije v 15. stoletju. Tam podoživi izkušnje svojega daljnega prednika Aguilarja de Nerhe, pripadnika skrivne družbe Asasinov, ki se za možnost svobodne volje borijo s pohlepnim redom Templjarjev.