Zgodba se dogaja ob koncu druge svetovne vojne v češkem mestecu Kostomlaty. Mladi Miloš Hrma je končal prometni tečaj in začel delati na železniški postaji da bi s časom postal odpravnik vlakov. Šefa postaje najbolj zanimajo golobi med tem ko pa odpravnika vlakov Hubičku zanimajo ženske. Tudi Miloš ima dekle, kondukterko Mašo, vendar je še kar sramežljiv in nesamozavesten. Potem, ko preživi ne najbolj uspešno ljubezensko noč z Mašo, se hoče Miloš ubiti vendar ga rešijo in doktor mu svetuje naj si najde neko bolj izkušeno žensko. In medtem ko se na postaji ukvarjajo z ljubezenskimi težavami doživljajo Nemci na bojišču poraze, pa tudi vlaki jim vse bolj pogosto letijo v zrak. Neki strojevodja opozori Hubičku da bo tudi mimo njihove postaje pripeljal vlak s strelivom in da bi morld nekdo na njega vreči eksploziv.
Potem ko je leta 1956 jiri Menzel režiral eno epizodo v omnibusu Biseri na dnu, posneto po pripovedkah Bohumila Hrabala, se je leto dni kasneje mladi režiser spet vrnil k Hrabalu v svojem prvem celovečernem fillmu. Film "Strogo kontrolirani vlakovi" je nastal po istoimenskem Hrabalovem romanu, scenarij pa sta skupaj napisala Hrabal in Menzel, s čimer se je začela njuno dolgo in uspešno sodelovanje. V zgodbi o zaposlenih na železniški postaji, ki so, medtem ko se okoli njih dogajajo grozote svetovne vojne, zaposleni s svojimi vsakdanjimi problemi, se komični toni iz začetka filma postopno mešajo z resnejšimi zato, da bi se na koncu povsem umaknili pred tragičnimi.