V filmu G.I. Joe 2 se pripadniki posebne vojaške enote zopet soočijo s težko nalogo. Člani nevarne organizacije, znane pod imenom Cobra, umorijo veliko vojakov G.I. Joe ter v državi prevzamejo nadzor. Vodstvo pogumnih preživelih prevzameta general Joseph in vojak Roadblock, a njihova prihodnost je pod vprašajem, saj se morajo boriti proti močnejši vojski, ki ima v rokah neverjetno orožje. Rezultat je pogumen boj moža na moža, ki ga zaznamujejo izredno boleči in eksplozivni ukrepi...