Študenta Petra Parkerja (Tobey Maguire) ugrizne genetsko modificirani pajek. Peter hitro odkrije, da ima nenavadne moči: nadarjen je z močjo in sposobnostmi pajka s posebno izostrenimi pajkovskimi čuti.
Medtem ima megalomanski poslovnež Norman Osborn (Willem Dafoe) ravno tako nenavadna obdobja. Eksperimentalna formula mu je eksplodirala v obraz in povečala inteligentnost in moč, vendar ga istočasno tudi naredila norega.
Postane Zeleni vilinec, največji sovražnik Spider-mana, ki obljubo Petera Parkerja o boju proti kriminalu in pomaganju nedolžnim postavil na skrajno preizkušnjo.