Dve leti potem, ko je zaradi nesoglasij v skupini prišlo do razpada podjetja Skrivnosti d.d., se nekdaj zelo povezani prijatelji Scooby Doo, Fred (Freddie Prinze Jr.), Daphne (Sarah Michelle Gellar), Shaggy (Matthew Lillard) in Velma (Linda Cardellini), ki so razreševali zločine in odkrili marsikatero skrivnost, znajdejo na Otoku Duhov, priljubljenem počitniškem mestu. Poklical jih je sam lastnik otoka Emile Mondavarious (Rowan Atkinson) in tako ponovno združil razvpite nadležne detektive, da bi razrešili niz paranormalnih pojavov. Boji se namreč, da bodo nadnaravne sile odgnale obiskovalce iz njegove počitnišče destinacije. Scooby in njegovi pajdaši bodo morali premagati osebne spore in začeti znova, če hočejo zadevi priti do dna ter rešiti sebe in ..... cel svet.